危ない危ない…安易に3ボタンに変更したら2ボタンの設定が失われてどうにもならないところだった（初期化で元に戻せますとか言っておいて、ほんとうに初期設定に戻すだけだから「変更前」に戻るわけではない）

とりあえず2ボタン設定まとめ

■：通常攻撃
▲：PA
×：ジャンプ
●：アクセス

L1：ロックオン
L2：武器アクション（パレット切り替え）
R1：サブパレット実行
R2：回避アクション

左スティック：サブメニュー（あまり使わない）
右スティック：肩越し切り替え（あまり使わない）

これらの機能を3ボタン操作に押し込めるか？

3ボタン操作では「パレット切り替え」と「武器アクション」が分かれる（別々に配置する）ということが重要。つまり「ガード」や「ジェットブーツの派生攻撃」なんかもパレットに入れなくてはならない。その代わり、レンジャーなど武器アクションが存在しないクラスはそれが必要ない。

まず、最低限必要な操作は以下の通り。

アクション1（通常攻撃）
アクション2（PA）
アクション3（PAと武器アクション）
ジャンプ
アクセス
ロックオン
パレット切り替え
サブパレット実行
回避アクション

これを割り振ると

■：アクション1（通常攻撃）
▲：アクション2（PA）
×：ジャンプ
●：アクション3（PAと武器アクション）

L1：ロックオン
L2：パレット切り替え
R1：サブパレット実行
R2：回避アクション

左スティック：サブメニュー（あまり使わない）
右スティック：肩越し切り替え（あまり使わない）

アクセス

ア…アクセスが余った！？
なんとか対処法を搾り出さねばならない。

対処1…使用頻度の少ないサブメニューと肩越しのスティック押し込みに何かをぶっこむ
使用頻度が少なく、かつ連打したり細かな操作が必要だったり長く押したりしないものがよい。
…ない、そんなものはない。

対処2…空いているSELECTボタンを使う
って、これもスティック同様、押しにくいんだから無理よ。

要は「通常攻撃、PA、武器アクション、ジャンプ、アクセス、ロックオン、パレット切り替え、サブパレット実行、回避アクションのいずれかを、スティック押し込みかSELECTに割り振らなくてはならない」ってことでしょ。無理だよ。

もうちょっと根本にかえってシンプルに考えると…

「武器アクションがパレット切り替えの武器（ライフルなど）」については、「現状の設定のまま3ボタン化して、SELECTかスティック押し込みにPAを（表パレット裏パレットで）2つ追加できる」ということではある（そこにPA発動をねじ込むのが使い易いかどうかはともかく）。
■：通常攻撃
▲：PA1
裏■：PA2
裏▲：PA3
↓
■：アクション1（通常攻撃）
▲：アクション2（PA）
裏■：裏アクション1（PA）
裏▲：裏アクション2（PA）
スティック押し込み：アクション3（PA）
裏スティック押し込み：裏アクション3（PA）
ってことね。
■▲の部分は変更せずにいける。

一方、「武器アクションが特殊動作の武器（マシンガンなど）」については、「今まで特殊動作に使っていたボタンがパレット切り替えになり、どこかに特殊動作ボタンを追加しなくてはならない」ということである。

「武器アクションがパレット切り替えの武器（ライフルなど）」と同様に考えると
■：通常攻撃
▲：PA1
裏■：PA2
裏▲：PA3
↓
■：アクション1（通常攻撃）
▲：アクション2（PA）
裏■：裏アクション1（PA）
裏▲：裏アクション2（PA）
スティック押し込み：アクション3（特殊動作）
裏スティック押し込み：裏アクション3（PA）
ってことになるけど、スティック押し込みやSELECTにガードやスタイリッシュロールをねじ込むのは、あまりに怖い。

なら、使い易い■▲に武器アクションをねじこんで、なんとか慣れていけないか？
■：通常攻撃
▲：PA1
裏■：PA2
裏▲：PA3
↓
■：アクション1（通常攻撃）
▲：アクション2（PA）
裏■：裏アクション1（特殊動作）
裏▲：裏アクション2（PA）
スティック押し込み：アクション3（PA）
裏スティック押し込み：裏アクション3（PA）
…これじゃあ、元の操作と比べて■▲で使えるPAが2つに減ってしまうではないか。

う～～～ん…
結論としては、現状のコントローラーでは近接武器の3ボタン操作は無理だということになりそうだ。

遠距離系の武器なら、あまり細かく使うものではないPA（コスモスブレイカーやマロンカースなど）を入れておけば、今までの動作にプラスアルファでPAを使えるかもしれない。